Obowiązek sporządzenia dokumentacji cen transferowych odnosi się również do transakcji dokonywanych pomiędzy jednostkami samorządu terytorialnego a ich spółkami zależnymi. Jednakże pod warunkiem, że dotyczy to takich transakcji w odniesieniu do których cena nie została określona ustawowo. Taki stan rzeczy potwierdzają m.in. interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach z dnia 21 lipca 2015 roku, o znaku IBPB-1-2/4510-57/15/MM oraz wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 24 czerwca 2015 roku, o sygn. akt I SA/ Kr 749/15. Gmina, która posiada udziały w spółce zależnej jest z nią powiązana kapitałowo. Oznacza to, że podmioty te kształtując postanowienia umowne mają obowiązek ustalić cenę świadczenia na poziomie rynkowym.